喷码机在使用过程中，喷射出的墨点除了一部分会呈现在标识载体上，一部分会由回收系统回收循环以外，还有很多散点会溅到喷头上。另外在每次开、关机的时候，喷头喷出的第一滴墨或者最后一滴墨都有可能因为墨水循环系统未处于正常状态，而不能准确到达标识载体或者回收系统，如此长时间积累就会造成喷嘴堵塞。
通常，喷码机的使用者都会遇到以下几个造成喷嘴堵塞的原因：一是耗材的问题。如果大家都能使用正品耗材，此问题将会得到改善；二是杂质的问题。喷码机在工作过程中会吸入大量的灰尘，包括空气中的一些杂质，其进入墨水循环系统中，就可能与墨水发生化学或物理变化，从而产生一些颗粒状物质，导致墨水出现沉淀，致使管道和喷嘴堵塞。因此，为避免喷嘴堵塞而影响喷码机正常工作，所以要定期对喷嘴进行清洗，或者定期开一下喷码机。
